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傳真社取得另一份於2016年7月修訂的設計圖則文件，文件顯示中方在出入境設施的設計上高度參與，細緻度及至「衛生間」內佈局、房間牆壁厚度等。
明報星期一公開高鐵西九龍總站內地口岸區的平面圖則，詳細顯示站內一地兩檢的內地設施。運輸及房屋局回應僅指該份圖則並非最新版本，強調仍與內地商討一地兩檢的憲制問題。傳真社取得另一份於2016年7月修訂的設計圖則文件，文件顯示中方在出入境設施的設計上高度參與，細緻度及至「衛生間」內佈局、房間牆壁厚度等。傳真社獲曾參與工程項目的消息人士確認，圖則曾呈交內地鐵路部門審批，港方早在去年9月根據圖則展開「內地口岸區」工程，內牆間隔已大致完成。
傳真社取得高鐵西九龍總站一份名為「廣深港高鐵內地口岸區佈局方案」的設計文件，是2016年7月修訂版本。設計圖則沒有顯示接收方，但整份文件採用簡體字，並用上「人工通道」、「衛生間」及「邊檢洗漱間」等內地用語，部分有英文簡稱。
圖則把Mainland Customs, Immigration and Quarantine 稱為「內地口岸區」(簡稱MCIQ，又稱「內地海關、出入境及檢疫設施」)，並詳列佈局設計，顯示地下二層(B2)的「內地出境」及地下三層(B3)的「內地入境」區域，已經有仔細隔格分佈。在國檢及海關站崗位置，列明「實際位置將根據功能需求作調整，海關、國檢將進一步確認」；B2及B3層都有「CCTV設備間」，並列明「內地方自建」、「由內地方建造」。
圖則左下方備註欄中，亦寫有「內地方於2016年6月7日的工作會議中已作出確認」，顯示中港兩方曾就設計細節商討，包括「衛生間內的佈局已根據內地方意見修改及達成共識」、「出入境查驗區的輕質隔牆厚度將會調整，因此房間面積也會相應作出調整」，顯示內地有關部門一直知悉「內地口岸區」(MCIQ)設計，並提出修改意見。
向傳真社提供文件、接近內地口岸工程的消息人士透露，圖則是港鐵工程承建商交予內地相關部門的版本，文件亦曾交內地鐵路部門審議，港鐵再根據要求修改。
內地口岸區圖則內，B2層內地出境大堂及B3層內地入境大堂，各有30條「電子通道」與18條「人工通道」，讓旅客通關；辦公室區域則預留多間房間予內地海關、國檢、邊檢及口岸辦等部門，部分房間標明用途，例如「國檢藥品器械存儲室」、「邊檢處突設備間」、「海關會議室」等。
內地邊境防衞工作一向由公安邊防部隊負責，然而在內地口岸圖則中，暫未顯示有預留空間讓公安邊防部隊進駐西九高鐵站。在公安部邊防管理局網頁上，清楚列明局方主要職責之一「……是毗鄰香港、澳門邊境一綫的巡邏警戒……」深圳的邊界防務工作，由廣東省公安邊防總隊深圳支隊負責。
明報在3月6日公開2015年11月及2016年2月修訂，由港鐵及顧問公司提交予政府的「安全及保安統籌委員會」的設計文件。與該兩份圖則比較，傳真社獲得的設計圖則顯示，整個內地口岸區的佈局設計及面積均有更改，B2層「內地出境」及B3層「內地入境」所佔的面積，明顯較早前曝光的版本大，辦公室佈局亦有較大改動。在早前曝光的版本兩個樓層均有「羈留區」(Detention Area或Detention Quarters)，但新版本的B2層沒有任何房間或位置列明用作羈留拘押；而新版本的B3層，原有「羈留區」範圍改為「員工食堂」，另設有3間「邊檢羈押室」，範圍明顯縮少及附有獨立廁所。
傳真社就圖則向有份參與高鐵地盤的工程界人士了解，證實內地口岸區內部工程去年9月經已動工，並按上述圖則進行，兩層內牆隔格大部分已完成，部分房間更裝上門牌；地盤須於今年10月前完成安裝消防系統，供消防處檢驗。
傳真社同時獲得文件，顯示港方已取得「中國檢驗檢疫」及「中國海關」官方標誌，並清楚列出使用尺寸。文件左下方備註以紅字顯示紅色部分為最新修訂、標誌的準確顏色須交予相關政府部門批准等指示。
傳真社翻查政府呈交立法會的資料，發現運輸及房屋局和路政署多次向立法會鐵路事宜委員會提交文件，交代廣深港高鐵工程進展時，曾以簡短文字提及「內地口岸區」的工程進度。
在2016年9月提交的文件中，當局以30字描述截至2016年6月30日，「西九龍總站內地口岸區的相關工程亦已陸續展開，路政署及其監核顧問會繼續密切監察工程進度。」與傳真社獲得的圖則顯示中港兩方曾就設計細節商討、「內地方於2016年6月7日的工作會議中已作出確認」的時間吻合；2016年12月的文件，當局提到截至2016年9月30日，「在內地海關、出入境及檢疫設施的主要位置，內牆建造工程已經展開。在約4,500米的內牆當中，已有約42%完成建造。」；2017年2月的文件，提到截至2016年12月31日，「於西九龍總站B2及B3層的內地海關、出入境及檢疫設施位置，內牆建造工程已完成約89%，已完成的房間亦陸續交付，以進行室內裝修工程。」
傳真社就圖則分別向律政司、運輸及房屋局、保安局、政制及內地事務局以及港鐵公司查詢，目前為此，只有保安局發言人回應指「一地兩檢的法律問題一直由律政司跟進，而圖則問題則由運輸及房屋局負責，故交由兩個部門回應。」其他部門及港鐵未有回應。
這則報道獲以下新聞媒體採用:
